V začetku novega 18. stoletja je 1701 ta načrt dozorel: prošt Prešern, stolni dekan Janez Anton Dolničar in ljubljanski škof Sigmund Herberstein so podpisali ustanovno listino nove knjižnice. Sklenili so, naj po njihovi smrti združijo osebne knjižnice akademikov in jih tako uredijo, da bodo na voljo vsem znanja željnim Ljubljančanom. Knjig ne bodo smeli odnašati domov, knjižnica pa bo odprta samo podnevi.
Isto leto so akademiki sklenili nadomestiti staro gotsko stolnico sv. Nikolaja z moderno baročno. V Ljubljano so poklicali italijanske mojstre. Takrat so ustanovili tudi akademijo filharmonikov in slikarskih umetnikov - zares velikopotezni načrti za novo stoletje. Ustanovitelji so drug za drugim umirali, njihove knjige so hranili in ko so 1708 začeli zidati semenišče - Karlov zavod, so v njem določili tudi dvorano za knjižnico. Leta 1721 je njen strop poslikal italijanski slikar Giulio Quaglio, ki je prej delal v stolnici, domači mizar in rezbar Jožef Wergant pa je 1725 naredil močne in lepe hrastove omare za knjižne police. Nato je prvi knjižničar Franc Jožef Thallmainer v njih razporedil knjige, jih natančno popisal in bralci so lahko začeli obiskovati knjižnico.To je trajalo približno 50 let, potem pa je cesarica Marija Terezija 1774 tudi v Ljubljani ustanovila deželno študijsko knjižnico. Semeniška je ostala na voljo duhovnikom in bogoslovcem v hiši, vedno pa jo je vodil kak duhovnik, v 19. stoletju zlasti hišni duhovni voditelj - spiritual.
Zaloga knjig se je množila, prostora je zmanjkovalo, zato so ob koncu 19. stoletja, še pred velikim potresom, dozidali del hiše na zahodni strani, kjer je novejši del knjižnice še zdaj.
Bogoslovci so sredi 19. stoletja sami začeli zbirati slovenske in slovanske knjige, saj so v stari dvorani predvsem latinske, nemške, italijanske in francoske iz vseh dežel Evrope. Najstarejše med njimi so zdaj stare že nad 500 let, v novih oddelkih pa imamo seveda tudi tiste, ki zdaj izhajajo. Slovenske verske knjige vseh časov so v posebni arhivski zbirki, namenjeni specialnemu študiju, za potrebe bogoslovcev pa so na voljo tudi teološke, filozofske, zgodovinske in leposlovne knjige. Tudi revij, starih in novih, je v knjižnici veliko shranjenih. Vseh knjig in letnikov revij je trenutno v knjižnici že blizu 60 000, desetina od tega v stari dvorani. Med tiskanimi knjigami je le nekaj rokopisov, najdragocenejši je majhna latinska Biblija, ki so jo škofu Hrenu podarili turjaški grofje v začetku 17. stoletja. Tudi skoraj 400 let stara globusa sta zanimiv okras baročne dvorane.
Iz semeniške knjižnice je ob ustanovitvi ljubljanske univerze leta 1919 nastala tudi knjižnica teološke fakultete, ki je na Poljanski 4 vsak dan dostopna tudi zunanjim obiskovalcem.
Baročno knjižnico si prihajajo po predhodnem dogovoru (tel. št.: 01 232 78 91) ogledovat tujci in domačini, saj je to edina ohranjena baročna knjižnica v Sloveniji.